Bệnh viện Tim Hà Nội cơ sở 2 nằm trên đường Võ Chí Công, quận Tây Hồ, Hà Nội, có diện tích gần 8.000m2, rộng gấp 3 lần cơ sở 1 tại đường Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội.
Trong giai đoạn đầu, Bệnh viện Tim Hà Nội cơ sở 2 có 40 phòng khám các chuyên khoa như tim mạch, đái đường, da liễu, dị ứng, hô hấp, đông y, tai mũi họng, răng hàm mặt. Ngoài ra, cơ sở 2 còn có khoa tim mạch chuyển hóa với 50 giường bệnh cùng khoa cấp cứu với 12 giường bệnh.
Công ty hệ thống tự động Sơn Hà là đơn vị cung cấp, lắp đặt toàn bộ hệ thống cửa tự động cho bệnh viện, bộ cửa phòng mổ chuyên dụng cho Bệnh viện Tim Hà Nội.